Mit seiner reichen Kunst- und Archäologiesammlung ist das Museum für Islamische Kunst eine der führenden Forschungseinrichtungen zur materiellen Kultur des Nahen Ostens und angrenzender Gebiete. Die Forschungs-, Restaurierungs- und Ausstellungsprojekte setzen sich besonders intensiv mit dem urbanen Erbe des Nahen und Mittleren Osten auseinander. Der hierfür relevante Sammlungsbestand rührt vor allem aus verschiedenen großen Ausgrabungen, vor allem denen in der sasanidischenHauptstadt Ktesipon und der berühmten Kalifenstadt Samarra im Irak (1911 und 1913), mit der die islamische Archäologie begründet wurde, bis zu den Funden aus der abbasidischen Hauptstadt Raqqa in Syrien und aus dem mongolischen Sommerpalast Tacht-e Sulaiman in Iran.

Aktuell arbeiten und forschen zusammen mit den Mitarbeitern des Museums für Islamische Kunst mehr als fünfzehn Wissenschaftler und Assistenten in verschiedenen Projekten, die mit den Sammlungen verknüpft sind. Diese Vorhaben gelten der wissenschaftlichen Erschließung und Kontextualisierung, Technologie und Werkstoffen, Restaurierung und Konservierung sowie Dokumentation. Hierbei wird ein besonderes Augenmerk auf die besuchergerechte Präsentation der neuen Dauerausstellung im dann sanierten Pergamonmuseum gelegt. Die interdisziplinäre Zusammenarbeit mit verschiedenen Kooperationspartnern erweist sich zur Forschung auf diesen Themengebieten als unverzichtbar.

Das Museum für Islamische Kunst ist Mitglied

• des Exzellenzcluster Topoi (The Formation and Transformation of Space and Knowledge in Ancient Civilizations) der DFG (Ktesiphon. Vermittlung von archäologischer Forschung im Museum anhand der Architekturtraditionen in sasanidischer und islamischer Zeit, Research Project C-3-1)
• des Forschungsprogramms "Europe in the Middle East – The Middle East in Europe" der Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften, der Fritz Thyssen Stiftung und des Wissenschaftskollegs zu Berlin
• des Forschungsprogramms "Connecting Art Histories in the Museum: The Mediterranean and Asia 400–1650" des Kunsthistorischen Instituts in Florenz, der Max-Planck-Gesellschaft und der Staatlichen Museen zu Berlin
• des Sonderforschungsbereichs der DFG/Freien Universität Berlin "Episteme in Bewegung" (Gegenstände des Transfers. Konzepte zur Vermittlung von Transferprozessen zwischen Nahem Osten und Europa in der Vormoderne im musealen Kontext)
• der Planungsgruppe des Zentrums Transkulturelle Kunstgeschichte "Art Histories. Kunstgeschichte und Ästhetische Praktiken"; Forschungs- und Fellowship-Programm am Forum Transregionale Studien.