Das Ägyptische Museum ist eine der ältesten Abteilungen der ehemals königlichen Kunstsammlungen. Auf Empfehlung Alexander von Humboldts wurde 1828 eine ägyptische Abteilung unter König Friedrich Wilhelm III. gegründet.
1842-1845 reiste eine preußische Expedition nach Ägypten und erhielt von Mohamed Ali 1500 bedeutende Objekte. 1850 erhielt das Ägyptische Museum seinen Standort im eigens dafür erbauten Neuen Museum auf der Museumsinsel.
In den folgenden Jahren erweiterten sich die Sammlungsbestände durch Ankäufe, Schenkungen und Grabungen. Die bedeutendste Grabung wurde von 1911 bis 1914 in Amarna durchgeführt, deren Fundstücke die Sammlung wesentlich bereicherten.
Der Zweite Weltkrieg hatte schwerwiegende Folgen für die Sammlung. Das Neue Museum wurde stark beschädigt. Zahlreiche Stücke verbrannten. Die verbliebenen Exponate wurden ausgelagert, und es kam nach dem Krieg zu einer Teilung der Sammlung.
Die aus der Sowjetunion zurückgekehrten Werke bezogen 1958 das Bodemuseum. Dort wurden in der Ausstellung vor allem Kultur und Religion des Pharaonenreiches gezeigt. Große Reliefzyklen aus Pyramidentempeln des 3. Jahrtausends v. Chr. und Grabkammern, Kolossalstatuen von Göttern und Königen, Sarkophage, bemalte Särge und Mumienmasken führten die Besucher in die Glaubenswelt und das Weltverständnis der alten Ägypter ein.
Installationen zur Kulturgeschichte gaben Einblick in den Alltag vor Jahrtausenden. Die Papyrussammlung zeigte neben Klassikern der altägyptischen Literatur illustrierte Totenbücher bis hin zum christlichen und arabischen Schrifttum.
Aufgrund der Baumaßnahmen am Bode-Museum zog ein Teil der Bestände des Ägyptischen Museums, z.B. der Bereich des Totenglaubens und Totenkultes, nach Charlottenburg und wurden in die dortige Präsentation integriert.
Die aus Westdeutschland zurückgekehrten Exponate wurden erstmals 1967 nach dem Umbau der ehemaligen Königlichen Leibwache in Charlottenburg der Öffentlichkeit zugänglich.
Mit der organisatorischen Wiedervereinigung der beiden Sammlungen im Januar 1991 wurde im Rahmen des Masterplans Museumsinsel beschlossen, dass das Ägyptische Museum und Papyrussammlung nach der Grundsanierung des Neuen Museums an seinen historischen Standort zurückkehren soll.
2005 zog das Ägyptische Museum und Papyrussammlung auf die Museumsinel Berlin, wo es bis Februar 2009 im Obergeschoss des Alten Museums gezeigt wurde. Ab 16. Oktober 2009 wird die Sammlung dannn im wiederhergestllten Neuen Museum zu bewundern sein.
