Die Konzeption des als Kaiser-Friedrich-Museum errichteten Gebäudes geht auf Ideen der Kronprinzessin Victoria zurück, die diese in einer Denkschrift von 1883 veröffentlichte. Wilhelm von Bode war es schließlich, der diese bahnbrechenden Ideen in die Praxis umsetzte.

1897 wurde an der Nordspitze der Museumsinsel mit dem Bau des von Eberhard von Ihne entworfenen Renaissance-Museums begonnen, das den Namen des Gemahls der seit 1888 verwitweten Kaiserin Victoria tragen sollte.

In dem im Oktober 1904 eröffneten Kaiser-Friedrich-Museum wurden Malerei und Skulptur, die damals so genannten „hohen Künste“, erstmals gleichrangig nebeneinander präsentiert, wobei sich die Art der Inszenierung von traditionellen Museen unterschied.

Im Zweiten Weltkrieg wurde das Museum schwer beschädigt und zwischen 1948 und 1986 sukzessive wiederhergestellt. 1956 erhielt es nach seinem geistigen Schöpfer den bis heute beibehaltenen Namen: Bode-Museum. Nach der Wiedervereinigung auch der Staatlichen Museen zu Berlin folgte eine umfassende Grundinstandsetzung des Hauses nach modernsten museologischen und denkmalpflegerischen Erfordernissen.

Anders als ursprünglich vorgesehen beherbergt das Gebäude, das seit Herbst 2006 wieder für die Öffentlichkeit zugänglich ist, nun vor allem die Skulpturensammlung und das Museum für Byzantinische Kunst. Etwa hundertfünfzig Werke aus dem Bestand der Gemäldegalerie, die sich seit 1998 am Kulturforum am Potsdamer Platz befindet, bereichern die Präsentation der Skulpturen. Das Münzkabinett zeigt  im Bode-Museum seine metallene Chronik der Menschheitsgeschichte.